¿Que se busca en un análisis de secuencia de genomas microbianos?	Virulencia, adaptación al hospedador y evolución
¿Que implica la secuencia genómica?	Secuenciar una librería de fragmentos del genoma, ensamblaje, relleno, localización y predicción de genes. Esto ofrece un repertorio de los factores de virulencia e inmunógenos potenciales.
¿Que se obtiene en un análisis de la diversidad?	Variable del contenido cromosómico, contenido GC,descripción genética y mecanismos de diversidad y virulencia.
Mecanismo de diversificación de la virulencia muy documentada entre patógenos entéricos...	Transferencia lateral de genes Transformación, conjugación, transducción y recombinación. Implica la transferencia de 5-100kb
Como se le conoce a un mecanismo de transferencia cuando contribuye a la virulencia? Menciona sus ejemplos	PI (pathogenicity islands). Sistemas de secreción tipo 3 y 4.
Generalizaciones del decaimiento genómico	La perdida aumenta con la adaptación al hospedador Incremento del uso de procesos celulares del hospedador Fenómeno evidente en parásitos intracelulares.
¿Que es una variación de fase?	La perdida o ganancia reversible de características fenotípicas como resultado de cambios de expresión de uno o varios genes.
¿¿que es una variación de antigénica?	La variación de las estructuras superficiales del microorganismo patógeno
Mecanismos de variación de fase y antigénica	Deslizamiento de una cadena por mal apareamiento de las bases, genes de contingencia, son exclusivos de patógenos de mucosas con genomas pequeños, asociados con la síntesis de estructuras de la superficie o con genes modificadores del ADN, tracts homopolimericos y la duplicacion de genes.
Consecuencias de la variación de fase y antigénica	Afectar a la expresión , cambios fenotípicos, escape de los mecanismo de defensa del hospedador.
Mecanismos de genómica funcional	Análisis de la activación de genes, análisis de transcriptomas y análisis de proteomas.
Principio básico de la localización de genes en la genómica funcional	Los genes que expresa un organismo patógeno en su ambiente difiere de los genes que expresa en su etapa patógena
Cual fue el primer ácido nucleico en ser secuenciado?	El tARN Ala de levadura.
Mecanismo de Sanger para secuenciación de ARN y ADN	MArcar con P32 para detectar en autoradiografias.
Estrategia básica de la secuenciación de ácidos nucleicos	Degradación especifica y fraccionamiento de los polinucleotidos, secuenciacion, ordenamiento por repaticion de los pasos anteriores con traslape de corte.
Describa el método enzimático de Sanger	Usar ADN polimerasa para sintetizar ADN con una terminación especifica, se generan frangmentos distinguibles, se agregan nucleotidos sin -OH en su 3´ ddNTP para obtener una terminacion especifica. Los ddNTPs se incorporan al zar obteniendo fragmentos de todos los tamaños posibles con terminacion de un residuo especifico.
Ejemplo de los primeros secuenciadores	ABI 370
Quien realizaba la secuenciacion por síntesis?	Solexa/ilumina Roche 454 pirosecuenciacion polimerasa, sincrónica, basada en ensamble ABi secuenciacion por ligacion Ligasa, sincronica basada en ensamble
Secuenciacion por semiconduccion	Ion torrent
Enumera los metodos de secuenciacion del mas efectivo al menos efectivo	sanger, 454, illumina, solid y helicos.
Aplicaciones de las tecnologías de secuenciacion por De novo Genome Assembly (454 o Illumina)	Metagenómica,secuenciacion desde ambiente, clasificación taxonómica y perfil metabólico.
Aplicaciones de las tecnologías de secuenciacion por RNA-SEq MApping Illumina/solid	identificar expresion diferencial, secuenciacion de transcriptoma en diferentes condiciones. SNPs e isoformas
Aplicaciones de las tecnologías de secuenciacion RNA –Seq De novo (Illumina)	Identificacion por expresión diferencial, secuenciacion del transcriptoma en diferentes condiciones, reconstruccion de trascriptoma de un organismo, condicion especifico.
Métodos para el análisis de la activación de genes	IVET: In vivo expression technology DFI: Differential fluorescence induction STM: Signature -tagged mutagenesis GAMBIT: Genomic analysis and mapping by in vitro transposition
métodos para Análisis de Transcriptomas	DNA chips o micro-arrays SAGE: Serial analysis of gene expression DD:Differential display
métodos para Análisis de Proteomas	2D PAGE Espectrometría de masas Protein micro-arrays

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